變性淀粉具有遇碘變藍的特性，這是由淀粉本身的結構特點決定的。淀粉是白色無定形的粉末，由10%～30%的直鏈淀粉和70%～90%的支鏈淀粉組成。溶于水的直鏈淀粉借助分子內的氫鍵卷曲成螺旋狀。如果加入碘液，碘液中的碘分子便嵌入到螺旋結構的空隙處，并且借助范德華力與直鏈淀粉聯系在一起，形成了一種絡合物。這種絡合物能夠比較均勻地吸收除了藍光以外的其他可見光（波長范圍為400～750 nm），從而使淀粉溶液呈現出藍色來。

近年來用先進的分析技術（如X射線、紅外光譜等）研究碘跟變性淀粉生成的藍色物，證明碘和淀粉的顯色除吸附原因外，主要是由于生成包合物的緣故。什么是包合物呢？直鏈淀粉是由α-葡萄糖分子縮合而成螺旋狀的長長的螺旋體，每個葡萄糖單元都仍有羥基暴露在螺旋外。碘分子跟這些羥基作用，使碘分子嵌入淀粉螺旋體的軸心部位。碘跟淀粉的這種作用叫做包合作用，生成物叫做包合物。
      以前認為，變性淀粉廠家能吸附碘，使碘吸收的可見光的波長向短的波長方向移動，棕色的碘液就變成藍色。同理，支鏈淀粉和糊精也能吸附碘，不過吸附的程度不同，因此呈現的顏色不同。這種解釋的有力根據是碘的淀粉液在加熱時藍色消失。這就被認為是加熱后分子動能增大，引起解吸的緣故。
       在淀粉跟碘生成的包合物中，每個碘分子跟6個葡萄糖單元配合，淀粉鏈以直徑0.13 pm繞成螺旋狀，碘分子處在螺旋的軸心部位。
      變性淀粉和碘的顯色機理直鏈淀粉遇碘呈藍色，支鏈淀粉遇碘呈紫紅色，糊精遇碘呈藍紫、紫、橙等顏色。這些顯色反應的靈敏度很高，可以用作鑒別淀粉的定量和定性的方法，也可以用它來分析碘的含量。紡織工業上用它來衡量布匹退漿的完全度。       為什么碘遇淀粉或糊精會出現不同的顏色呢
      淀粉跟碘生成的包合物的顏色，跟淀粉的聚合度或相對分子質量有關。在一定的聚合度或相對分子質量范圍內，隨聚合度或相對分子質量的增加，包合物的顏色的變化由無色、橙色、淡紅、紫色到藍色。例如，直鏈淀粉的聚合度是200～980或相對分子質量范圍是32 000～160 000時，包合物的顏色是藍色。分支很多的支鏈淀粉，在支鏈上的直鏈平均聚合度20～28，這樣形成的包合物是紫色的。糊精的聚合度更低，顯棕紅色、紅色、淡紅色等。下表就是淀粉的聚合度和生成碘包合物的顏色。